Wilayah perbatasan Indonesia-Malaysia di Kalimantan membentang sepanjang kurang lebih 1.840 km (mencakup wilayah Propinsi Kalimantan Timur kurang lebih 1.035 km dan Kalimantan Barat kurang lebih 805 km). Permasalahan antara lain adalah: pertama gambaran kemiskinan sebagai akibat dari tidak fokusnya intervensi kebijakan dimasa lalu sehingga terabaikannya pembangunan infrastruktur, sumber daya manusia, kemudian diikuti dengan penanganan perbatasan yang masih kental dengan nuansa sentralistik. Kedua permasalahan berdimensi nasional, yaitu munculnya kegiatan ekonomi ilegal diantaranya. ilegal logging, TKI dan penyelundupan lainnya, eksploitasi sumber daya alam secara tidak beraturan, lemahnya sistem pengawasan, semangat otonomi mengenai status dan kewenangan penanganan, serta gejala degradasi nasionalisme. Ketiga, permasalahan yangbberdimensi regional antar negara, lebarnya kesenjangan sosial ekonomi antara penduduk negeri sendiri dengan negeri tetangga, pergeseran atau hilangnya patok tapal batas negara sehingga menimbulkan konflik mengenai garis batas dan kasus-kasus lainnya.
Pemerintah mengeluarkan Keppres No.63 Tahun 1999 untuk mencabut Keppres No.44/1994, sehingga fungsi pengelolaan wilayah perbatasan negara dikembalikan kepada instansi-instansi terkait. Masalah kelembagaan merupakan suatu hal yang amat krusial. Saat ini tercatat sekitar 12 instansi yang terkait dengan penanganan dan pengelolaan perbatasan negara. banyaknya instansi yang terkait ini menyebabkan sulitnya melaksanakan koordinasi, khususnya di lapangan.Sehingga penanganan wilayah perbatasan selama ini, dirasakan masih bersifat parsial, sporadis dan ad-hoc. Artinya persoalan-persoalan mendasar belum tersentuh secara menyeluruh. Oleh karena itu kini saatnya bagi pemerintah untuk memformulasikan kembali kelembagaan pengelola perbatasan, agar manajemen wilayah perbatasan menjadi lebih efektif dimasa-masa mendatang.