Dewasa ini fungsi audit/pemeriksaan kinerja belum efektif dilaksanakan oleh BPK dan pemeriksaan masih terbatas pada pemeriksaan administrasi keuangan. Konsep audit kinerja tampaknya masih menjadi wacana bagi para penyelenggara pemerintahan, bahkan tidak sedikit anggota lembaga eksekutif dan legislatif di Pusat dan Daerah yang belum memahami konsep tersebut. Hal ini merupakan beban yang cukup berat yang harus ditangani oleh BPK, yang sampai saat ini masih terus berupaya meningkatkan sistem pemeriksaan keuangan sehingga audit kinerja belum tertangani.
Audit kinerja merupakan elemen yang penting dalam meningkatkan akuntabilitas program dan kegiatan pemerintah. Lemahnya fungsi audit kinerja di Indonesia telah terlihat dampaknya di beberapa daerah , seperti bencana banjir dan epidemi serta endemi berbagai macam penyakit,dll. Aritonang (2008) menyatakan bahwa terjadinya musibah banjir di banyak daerah secara signifikan disebabkan oleh buruknya kinerja pemerintah. Ia memberikan contoh musibah banjir di Jember yang terjadi pada tahun 2006 akibat buruknya kinerja pemerintah , di bidang lingkungan hidup, dimana kebijakan, perencanaan, dan kondisi riil daerah dalam hal pengendalian lingkungan hidup tidak sinergis sehingga pelaksanaan aturan kebijakanpun menjadi tidak konsisten